Help with an error message in R

Dear colleagues,

I am trying to turn a *.csv file into a "phyloseq" object in the "phyloseq" and "microbiome package", but I get this error with the OTU file. I'll paste the error here so you can help me.

otu.file
Species X104D0 X104D1
1 Streptococcus 46927 908
2 Mycobacterium 11077 201
3 Atopobium 8951 33
4 Granulicatella 4685 70
5 Actinomyces 4016 27
6 Catonella 1904 NA
7 Homo 1000 400
8 Macaca 688 287
9 unclassified (derived from Bacteria) 568 183
10 Eubacterium 530 3
11 Clostridium 259 20
12 Gemella 253 165
13 Lactobacillus 124 NA
14 Sorghum 115 50
15 Rothia 112 14
16 Bifidobacterium 99 13
17 unclassified (derived from Clostridiales) 85 62
18 Bacillus 81 6
19 Canis 81 40
20 Ruminococcus 80 3
21 Schistosoma 80 51
22 Enterococcus 77 NA
23 Danio 72 16
24 Neisseria 67 10
25 Pan 64 26
26 Lactococcus 62 NA
27 unclassified (derived from Siphoviridae) 62 NA
28 Staphylococcus 61 8
29 unclassified (derived from Clostridiales Family XI. Incertae Sedis) 58 NA
30 Ciona 56 23
31 Mobiluncus 54 NA
32 Veillonella 54 NA
33 Prevotella 45 NA
34 Peptostreptococcus 44 NA
35 Olsenella 41 NA
36 Loa 39 8
37 Nonionella 38 8
38 Oribacterium 37 NA
39 Oryza 34 12
40 Shuttleworthia 33 NA
X104D7 X105D0 X105D2 X105D7 X106D7 X107D0 X107D1 X107D2 X107D7 X108D0 X108D1 X108D2
1 4893 10227 20 165 456 11959 514 177 537 24029 430 507
2 9 90 14 NA 129 31 NA 34 NA 8032 1610 579
3 280 142 2 2 2 143 6 13 110 1394 24 66
4 211 84 NA 14 47 775 7 8 23 3198 29 9
5 169 151 NA 104 15 178 16 27 3 4514 69 33
6 9 13 2 20 1 47 3 7 14 1127 9 18
7 73 79 26 4 52 58 25 147 155 344 1634 2952
8 36 NA 14 NA 20 18 8 93 66 273 844 1890
9 6 16 NA 2 NA 43 NA 4 3 114 27 75
10 51 4 NA NA NA 17 5 1 NA 21 NA NA
11 11 14 2 NA NA 78 3 2 12 22 NA 10
12 172 11 NA NA 8 25 10 7 NA 158 NA NA
13 9 22 3 1 2 48 99 2 NA 37 NA 11
14 5 12 1 NA 2 NA 2 22 13 51 110 186
15 9 4 NA 1 3 14 49 18 NA 60 NA 11
16 20 86 NA NA NA 112 1 8 1 20 NA NA
17 29 1281 NA NA 1 NA 2 2 NA 6 NA NA
18 6 8 2 4 1 15 NA NA 1 35 NA NA
19 7 11 1 3 NA NA 3 12 10 39 85 118
20 NA 10 NA NA NA 14 NA 2 NA 14 NA NA
21 4 27 NA 2 3 11 2 12 6 24 12 51
22 5 5 NA NA 1 14 4 NA 1 36 NA NA
23 5 15 NA NA NA NA 3 12 15 10 11 17
24 4 NA NA NA NA 38 NA 7 NA 44 5 9
25 3 NA 1 NA 7 NA NA 7 8 19 64 170
26 89 8 NA NA NA NA 42 NA 1 16 NA NA
27 NA NA 1 4 4 196 NA 9 5 53 NA NA
28 5 14 NA NA 5 16 46 NA 1 52 NA NA
29 NA NA 2 NA NA 257 9 14 NA 106 22 68
30 NA NA 2 NA NA NA 2 10 5 31 59 172
31 NA NA NA NA NA 13 NA NA NA 13 NA NA
32 8 NA 1 NA NA 211 4 5 NA 8 NA 10
33 3 6 NA NA NA 47 1 2 NA NA 4 NA
34 3 NA NA NA NA NA NA NA NA 2 NA NA
35 NA 12 NA NA NA 24 1 1 NA 47 54 NA
36 NA 16 NA NA NA NA 3 4 3 7 13 24
37 NA NA NA NA NA NA NA NA 3 8 8 13
38 6 6 1 NA NA NA NA NA NA 12 5 NA
39 6 15 NA NA NA NA NA 5 4 15 10 37
40 NA NA NA NA NA NA NA NA NA 38 NA NA
X108D7 X109D0 X109D1 X109D2 X109D7 X111D1 X112D0 X112D2 X117D0 X117D7
1 12799 1129 1442 4 13764 2291 8905 174 3225 5916
2 30 NA NA NA NA 1 3 1 NA 2
3 203 6 14 1 NA 3 4 1 2 NA
4 949 69 74 1 1202 4 116 5 34 239
5 15133 NA 21 1 NA 5 172 7 37 504
6 2438 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
7 133 935 87 3 1478 29 31 93 7 37
8 102 833 NA NA 939 12 3 39 2 15
9 9 44 NA NA 64 10 10 2 14 23
10 NA NA NA NA NA NA 3 NA 1 NA
11 11 NA NA NA 161 2 13 1 6 23
12 31 NA NA NA 1282 1 64 NA 12 76
13 95 512 359 NA 874 10 20 NA 6 151
14 27 15 16 NA 153 NA 4 5 NA 5
15 113 NA 21 NA NA 1 4682 NA 1378 63
16 80 17 12 1 148 1 5 NA 1 2
17 NA 282 NA NA NA NA NA NA NA NA
18 19 5 NA NA 43 1 6 1 3 6
19 NA 27 18 1 203 4 4 3 3 3
20 NA NA NA NA NA NA 12 NA 6 3
21 12 25 20 3 99 NA 5 2 2 9
22 23 8 NA NA 91 2 39 NA 15 9
23 19 27 24 NA 47 2 6 3 1 6
24 12 NA 11 NA 33 NA NA NA 2 NA
25 10 47 NA NA 116 3 NA 5 NA 6
26 15 NA NA NA NA NA 101 NA 18 4
27 17 16 NA NA 46 6 8 NA 2 9
28 66 NA NA NA 38 3 9 NA 1 322
29 23 NA NA NA NA 23 31 18 11 53
30 9 64 NA 1 61 2 NA 1 NA NA
31 18 NA NA NA NA NA NA NA 1 NA
32 9 NA 37 1 1545 3 8 NA 5 29
33 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
34 NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA
35 NA NA NA NA NA 1 3 1 NA 4
36 NA 20 NA NA 35 2 NA NA NA 6
37 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
38 NA NA NA NA NA NA NA 1 NA 3
39 NA 45 NA 1 61 NA NA 4 NA 8
40 NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA
[ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 376 rows ]"

phyloseq(otu.file)
Error in phyloseq(otu.file) :
Problem with OTU/taxa indices among those you provided.
Check using intersect() and taxa_names()
intersect(otu.file)
Error in as.vector(y) : argument "y" is missing, with no default
taxa_names(otu.file)
NULL
phyloseq(metadata.file)
Error in phyloseq(metadata.file) :
Problem with OTU/taxa indices among those you provided.
Check using intersect() and taxa_names()

Hi,

Did you use the suggested checks? What's their output?

Also, when you have an issue like this, you should not just share the error, as we are not able to recreate the issue and figure out the problem. Try and create a reprex next time. A reprex consists of the minimal code and data needed to recreate the issue/question you're having. You can find instructions how to build and share one here:

PJ