Species Summaries

Hello,
I am hoping someone can help me with what seems a simple problem. This may be data-setup issue.

I have biological data (species counts) from an experiment I am trying to analyze with ANOVA. Six treatments, five replicates per treatment.

I converted data from wide to long, so now I have nine columns: Order, Family, taxa, combined DO, vel raceway, block, and tally (counts).

I have 2,560 rows of data. I am including the first 150 rows. Most of the data are "NA", because I did not find the species of concern. I omitted these rows in this example. Here are the data:

tibble::tribble(
                                                                     ~Order,         ~Family,                      ~taxa,        ~combined,      ~DO,      ~vel, ~raceway, ~block, ~tally,
                                                                 "Cnidaria",      "Hydridae",                "Hydra sp.",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",     "10",    "3",     1L,
                                                                 "Nematoda",      "Nematoda",                 "Nematoda",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "3",    "1",     1L,
                                                                 "Nematoda",      "Nematoda",                 "Nematoda", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "8",    "3",     3L,
                                                               "Ectoprocta", "Plumatellidae",           "Plumatella sp.",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",     "10",    "3",     1L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",      "1",    "1",     6L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",      "1",    "1",    38L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "2",    "1",    12L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "3",    "1",    54L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "3",    "1",     3L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "4",    "1",     4L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "4",    "1",    11L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",      "5",    "2",     1L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",      "5",    "2",   159L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",      "6",    "2",     2L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",      "6",    "2",    22L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "7",    "2",    13L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "7",    "2",     5L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "8",    "3",    14L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "8",    "3",   109L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "9",    "3",     1L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "9",    "3",     4L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",     "10",    "3",     2L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",     "10",    "3",   126L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",     "11",    "3",     5L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",     "12",    "4",    58L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",     "13",    "4",    23L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",     "16",    "4",     5L,
                                                              "Oligochaeta",   "Oligochaeta",  "Oligochaeta Oligochaeta",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",     "16",    "4",     1L,
                                                               "Gastropoda",      "Physidae",                "Physa sp.", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "2",    "1",     3L,
                                                               "Gastropoda",   "Planorbidae",            "Ferrissia sp.",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "3",    "1",     1L,
                                                               "Gastropoda",   "Planorbidae", "Hebetancylus excentricus",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "3",    "1",     1L,
                                                               "Gastropoda",   "Planorbidae",          "Laevapex fuscus",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "2",    "1",     1L,
                                                               "Gastropoda",   "Planorbidae",          "Laevapex fuscus", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "4",    "1",     1L,
                                                               "Gastropoda",   "Planorbidae",          "Laevapex fuscus",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",      "5",    "2",     1L,
                                                               "Gastropoda",   "Planorbidae",          "Laevapex fuscus", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",     "11",    "3",     1L,
                                                               "Gastropoda",   "Planorbidae",   "Micromenetus dilatatus", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "4",    "1",     2L,
                                                               "Gastropoda",   "Planorbidae",   "Micromenetus dilatatus",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",      "5",    "2",     1L,
                                                               "Gastropoda",   "Planorbidae",          "Planorbella sp.", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "2",    "1",     2L,
                                                               "Gastropoda",   "Planorbidae",          "Planorbella sp.",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "7",    "2",     1L,
                                                                    "Acari",   "Arrenuridae",            "Arrenurus sp.", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "2",    "1",     1L,
                                                                "Amphipoda",   "Hyalellidae",  "Hyalella azteca complex",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "3",    "1",     1L,
                                                                "Amphipoda",   "Hyalellidae",  "Hyalella azteca complex",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "7",    "2",     6L,
                                                                "Amphipoda",   "Hyalellidae",  "Hyalella azteca complex",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "8",    "3",     1L,
                                                                "Amphipoda",   "Hyalellidae",  "Hyalella azteca complex", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "8",    "3",     5L,
                                                                  "Isopoda",     "Asellidae",           "Caecidotea sp.",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "8",    "3",     1L,
                                                                  "Isopoda",     "Asellidae",           "Caecidotea sp.",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",     "10",    "3",     1L,
                                                                 "Decapoda",    "Cambaridae",                 "Decapoda",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "4",    "1",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Baetidae",        "Acerpenna pygmaea", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "2",    "1",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Baetidae",        "Acerpenna pygmaea",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "3",    "1",     4L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Baetidae",        "Acerpenna pygmaea", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "4",    "1",     4L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Baetidae",        "Acerpenna pygmaea",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "8",    "3",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Baetidae",        "Acerpenna pygmaea", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "8",    "3",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Baetidae",        "Acerpenna pygmaea",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "9",    "3",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Baetidae",        "Acerpenna pygmaea",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",     "11",    "3",     2L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Baetidae",        "Acerpenna pygmaea", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",     "15",    "4",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",      "1",    "1",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",      "1",    "1",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "2",    "1",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "2",    "1",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "3",    "1",     4L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "4",    "1",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",      "5",    "2",     4L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "7",    "2",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "8",    "3",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "8",    "3",    17L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "9",    "3",     5L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",     "11",    "3",     2L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",     "14",    "4",     1L,
                                                            "Ephemeroptera",      "Caenidae",          "Caenis diminuta",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",     "14",    "4",     1L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "2",    "1",     1L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "2",    "1",     9L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "3",    "1",     6L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "3",    "1",    32L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "4",    "1",    12L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "4",    "1",    21L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "7",    "2",     2L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "7",    "2",     5L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "8",    "3",    13L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "9",    "3",     8L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "9",    "3",    27L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",     "11",    "3",    15L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",     "11",    "3",     6L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",     "12",    "4",     4L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",     "15",    "4",     5L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",     "15",    "4",     9L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",     "16",    "4",     9L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae",    "Maccaffertium exiguum",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",     "16",    "4",    23L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",      "1",    "1",     2L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",      "1",    "1",     8L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "2",    "1",    17L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "2",    "1",     8L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "3",    "1",     8L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",  "MedDO_HighVel",  "MedDO", "HighVel",      "3",    "1",    32L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",  "HighDO_LowVel", "HighDO",  "LowVel",      "4",    "1",     7L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum", "HighDO_HighVel", "HighDO", "HighVel",      "4",    "1",    26L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",      "5",    "2",     1L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",      "5",    "2",     6L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",   "LowDO_LowVel",  "LowDO",  "LowVel",      "6",    "2",     2L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",  "LowDO_HighVel",  "LowDO", "HighVel",      "6",    "2",     1L,
                                                            "Ephemeroptera", "Heptageniidae", "Stenacron interpunctatum",   "MedDO_LowVel",  "MedDO",  "LowVel",      "7",    "2",     2L
                                                            )
#> # A tibble: 100 x 9
#>    Order       Family        taxa      combined  DO    vel   raceway block tally
#>    <chr>       <chr>         <chr>     <chr>     <chr> <chr> <chr>   <chr> <int>
#>  1 Cnidaria    Hydridae      Hydra sp. LowDO_Hi~ LowDO High~ 10      3         1
#>  2 Nematoda    Nematoda      Nematoda  MedDO_Lo~ MedDO LowV~ 3       1         1
#>  3 Nematoda    Nematoda      Nematoda  HighDO_H~ High~ High~ 8       3         3
#>  4 Ectoprocta  Plumatellidae Plumatel~ LowDO_Lo~ LowDO LowV~ 10      3         1
#>  5 Oligochaeta Oligochaeta   Oligocha~ LowDO_Lo~ LowDO LowV~ 1       1         6
#>  6 Oligochaeta Oligochaeta   Oligocha~ LowDO_Hi~ LowDO High~ 1       1        38
#>  7 Oligochaeta Oligochaeta   Oligocha~ HighDO_H~ High~ High~ 2       1        12
#>  8 Oligochaeta Oligochaeta   Oligocha~ MedDO_Lo~ MedDO LowV~ 3       1        54
#>  9 Oligochaeta Oligochaeta   Oligocha~ MedDO_Hi~ MedDO High~ 3       1         3
#> 10 Oligochaeta Oligochaeta   Oligocha~ HighDO_L~ High~ LowV~ 4       1         4
#> # ... with 90 more rows

Created on 2022-01-12 by the reprex package (v2.0.1)

I ultimately want to compare DO (3 levels) and vel (2 levels) and their interaction in standard ANOVA. Responses include: total number of taxa, total number of individuals, and some of the Orders.

My first step is to calculate total number of individuals and total taxa per treatment.

But I also want by Order, Family and taxa, as well. So, I first summed the counts by Order ("tally") for each treatment:

df_sum <- macros_final %>%
  group_by(Order, DO, vel, combined) %>%
  summarise(total = sum(tally))
#> Error in macros_final %>% group_by(Order, DO, vel, combined) %>% summarise(total = sum(tally)): could not find function "%>%"

Created on 2022-01-11 by the reprex package (v2.0.1)

This appears to work OK--I have total counts, by Order per replicate (rows).

However, I cant seem to do a count of >0 to calculate taxa richness: i get only "1" with this code:

tr <- df_sum %>%
  group_by(Order, DO, vel) %>%
  summarise(taxa.richness = n()) %>%
  ungroup %>%
  arrange(-taxa.richness)
#> Error in df_sum %>% group_by(Order, DO, vel) %>% summarise(taxa.richness = n()) %>% : could not find function "%>%"
tr
#> Error in eval(expr, envir, enclos): object 'tr' not found

Created on 2022-01-11 by the reprex package (v2.0.1)

I am sure there is a more efficient way to get both of these values, so I can easily run an ANOVA.

I am stuck here, and I am sure there is a more efficient method.

thanks,
C

the example you provided has NA as tally values only.

@nirgrahamuk I have removed the NA and added some more rows. I still grappling with how I count the number of separate taxa per replicate and then treatment. Thank you.