Uploading tsv files to plumber API

[Theanjha]

Now that Plumber supports file uploads with content-type "multipart/form-data" I can easily upload ".txt" files to my Plumber server. Since they contain tab separated tables I parse them in the following way:

#* Sends gene list file to server
#* @param file:file to send
#* @post /sendFile
function(file) {
  print(file)
  con <- textConnection(file)
  table <- read.table(con)
  doSomething(table)
}

If I try to upload a file ending with ".tsv" the file seems to be handeled differently. For a ".txt" file I get the file content as a string when I do print(file). For "tsv" I get:

[1] 22 47 6f 54 65 72 6d 22 09 22 31 22 09 22 32 22 09 22 33 22 09 22 34 22
[0]    [25] 09 22 35 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39 31 30 33 22 09 22 30 2e 30 36 39
[0]    [49] 39 35 34 30 36 38 35 35 33 35 37 34 36 22 09 22 30 2e 30 31 37 39 36 32
[0]    [73] 36 32 37 39 32 36 34 36 33 37 22 09 22 30 2e 30 33 33 32 31 35 31 30 31
[0]    [97] 30 30 36 32 33 34 34 22 09 22 30 2e 30 38 38 35 35 36 37 31 37 33 31 30
  [121] 39 30 33 33 22 09 22 30 2e 31 31 37 37 34 39 31 34 35 37 35 39 32 37 32
[0]   [145] 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 38 36 35 33 22 09 22 30 2e 31 37 31 33 30 33
[0]   [169] 33 30 35 38 35 37 31 35 34 22 09 22 30 2e 31 35 32 37 32 30 35 30 33 34
[0]   [193] 36 30 37 31 32 22 09 22 30 2e 30 37 39 33 39 32 38 32 32 33 31 31 35 32
[0]   [217] 33 38 22 09 22 30 2e 31 32 38 34 33 30 30 38 38 30 39 34 30 39 37 22 09
[0]   [241] 22 30 2e 31 37 32 30 37 37 36 32 39 30 39 33 34 38 35 22 0a 22 47 4f 3a
  [265] 30 30 30 36 30 39 39 22 09 22 30 2e 30 34 34 39 34 36 39 30 37 31 38 39
[0]   [289] 33 38 33 33 22 09 22 30 2e 30 36 34 30 39 33 33 38 33 32 36 39 30 31 39
[0]   [313] 39 22 09 22 30 2e 31 30 36 32 35 30 30 31 34 30 33 39 34 35 35 22 09 22
[0]   [337] 30 2e 30 36 34 31 37 38 33 38 39 37 35 37 36 37 33 35 22 09 22 30 2e 30
[0]   [361] 33 38 33 37 31 37 37 31 39 34 30 39 35 33 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 36
[0]   [385] 31 38 39 22 09 22 30 2e 31 39 38 38 34 36 39 35 31 38 30 36 31 33 36 22
[0]   [409] 09 22 30 2e 31 33 34 38 33 32 38 34 37 34 30 34 38 37 32 22 09 22 30 2e
[0]   [433] 31 30 37 35 37 34 39 36 37 32 30 31 38 35 39 22 09 22 30 2e 31 33 38 32
[0]   [457] 37 35 37 38 35 31 32 37 35 35 39 22 09 22 30 2e 31 37 30 37 33 31 30 30
[0]   [481] 36 32 36 37 32 37 32 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 34 36 30 34 30 22 09 22 30
[0]   [505] 2e 30 36 35 34 36 33 30 35 38 35 38 32 36 37 36 22 09 22 30 2e 30 35 37
[0]   [529] 36 32 33 35 38 38 34 39 36 38 32 35 39 22 09 22 30 2e 30 35 30 33 32 32
[0]   [553] 34 33 30 33 38 34 36 34 33 35 22 09 22 30 2e 30 35 31 36 36 38 34 35 36
[0]   [577] 32 37 32 34 35 37 37 22 09 22 30 2e 30 34 33 31 34 33 33 37 33 37 35 34
[0]   [601] 38 31 38 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 36 31 38 38 22 09 22 30 2e 30 30 37
[0]   [625] 34 30 33 33 35 30 36 38 37 33 35 34 35 37 22 09 22 30 2e 30 30 38 32 34
[0]   [649] 33 36 30 35 38 32 37 36 35 38 32 31 22 09 22 30 2e 30 30 37 31 30 31 35
[0]   [673] 35 37 33 38 30 32 38 32 37 36 22 09 22 30 2e 30 30 38 33 36 34 35 32 32
[0]   [697] 38 33 32 34 38 30 31 36 22 09 22 30 2e 30 31 30 32 32 37 31 35 30 32 36
[0]   [721] 32 32 30 34 34 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39 32 30 31 22 09 22 30 2e 30
[0]   [745] 32 38 31 34 32 30 37 32 33 30 30 30 30 36 37 22 09 22 30 2e 30 32 33 31
[0]   [769] 38 34 30 31 39 34 35 37 38 38 38 32 22 09 22 30 2e 30 32 35 30 31 34 39
[0]   [793] 37 35 36 35 34 35 34 39 33 22 09 22 30 2e 30 32 38 33 32 30 33 32 38 32
[0]   [817] 34 36 35 34 37 32 22 09 22 30 2e 30 32 36 36 36 34 33 30 34 36 30 36 30
[0]   [841] 30 36 36 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39 31 34 35 22 09 22 30 2e 30 34 35
[0]   [865] 33 37 38 39 30 32 35 34 35 36 31 32 33 22 09 22 30 2e 30 34 32 30 35 39
[0]   [889] 38 32 30 37 31 39 37 33 39 31 22 09 22 30 2e 30 32 31 30 39 33 32 39 30
[0]   [913] 39 31 31 31 32 31 35 22 09 22 30 2e 30 31 37 31 36 39 38 32 37 36 32 33
[0]   [937] 31 38 38 38 22 09 22 30 2e 30 34 34 30 39 37 39 34 30 36 30 36 32 30 34
[0]   [961] 36 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39 32 30 36 22 09 22 30 2e 30 32 32 32 38
[0]   [985] 34 37 33 38 32 37 34 38 30 38 39 22 09 22 30 2e 30 32 36 39 37 32 37 37
[0]  [1009] 37 39 32 30 37 37 39 33 22 09 22 30 2e 30 35 34 32 37 39 34 35 32 30 36
[0]  [1033] 31 35 34 38 31 22 09 22 30 2e 30 33 33 30 30 39 33 33 35 34 34 34 37 33
[0]  [1057] 34 33 22 09 22 30 2e 30 34 35 39 36 31 35 30 36 32 34 30 33 31 31 39 22
[0]  [1081] 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39 32 30 35 22 09 22 30 2e 30 36 32 36 34 36 32
[0]  [1105] 36 30 30 36 39 30 32 36 31 22 09 22 30 2e 30 38 36 33 37 35 31 31 38 36
[0]  [1129] 36 36 32 38 36 31 22 09 22 30 2e 31 30 39 38 39 30 39 31 33 30 38 35 39
[0]  [1153] 31 22 09 22 30 2e 30 35 30 33 34 38 37 35 38 30 35 39 39 38 32 31 22 09
[0]  [1177] 22 30 2e 30 39 30 33 38 32 30 32 38 32 31 37 39 30 34 32 22 0a 22 47 4f
[0]  [1201] 3a 30 30 30 39 31 39 39 22 09 22 30 2e 30 33 33 35 35 32 36 31 30 39 33
[0]  [1225] 37 35 39 32 22 09 22 30 2e 30 31 37 33 30 37 39 30 34 34 38 34 35 35 38
[0]  [1249] 33 22 09 22 30 2e 30 31 35 31 30 34 37 30 35 36 38 31 35 33 34 39 22 09
[0]  [1273] 22 30 2e 30 32 33 37 38 37 32 37 38 34 30 39 30 36 36 36 22 09 22 30 2e
[0]  [1297] 30 32 34 32 38 31 39 33 35 31 37 33 34 33 38 37 22 0a 22 47 4f 3a 30 30
[0]  [1321] 30 39 30 36 30 22 09 22 30 2e 30 32 33 31 31 37 32 31 37 33 36 38 37 34
[0]  [1345] 38 33 22 09 22 30 2e 30 32 34 37 31 30 33 30 39 37 30 33 36 36 33 34 22
[0]  [1369] 09 22 30 2e 30 31 39 31 38 33 32 36 33 34 32 36 30 33 35 36 22 09 22 30
[0]  [1393] 2e 30 39 30 31 33 30 34 30 36 37 31 37 38 38 38 34 22 09 22 30 2e 30 36
[0]  [1417] 39 35 30 30 33 39 30 32 33 31 32 30 37 34 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39
[0]  [1441] 31 34 32 22 09 22 30 2e 30 38 32 38 37 35 38 32 37 34 39 35 34 34 38 31
[0]  [1465] 22 09 22 30 2e 31 35 32 36 39 37 37 32 39 39 34 30 33 34 34 22 09 22 30
[0]  [1489] 2e 30 37 31 30 34 39 39 37 33 39 38 37 30 33 32 38 22 09 22 30 2e 31 30
[0]  [1513] 37 34 33 36 31 38 31 36 35 36 39 38 32 22 09 22 30 2e 30 37 39 30 31 37
[0]  [1537] 33 34 38 37 34 32 32 33 31 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39 31 36 38 22 09
[0]  [1561] 22 30 2e 31 30 35 35 30 39 37 34 35 38 38 35 36 39 35 22 09 22 30 2e 30
[0]  [1585] 36 37 37 38 32 34 37 39 37 33 32 32 33 37 35 22 09 22 30 2e 30 38 36 37
[0]  [1609] 36 36 30 30 33 35 39 36 38 32 34 31 22 09 22 30 2e 30 35 32 34 34 30 31
[0]  [1633] 30 37 32 39 34 32 30 39 36 22 09 22 30 2e 30 37 35 30 30 35 35 36 32 39
[0]  [1657] 39 34 31 38 38 32 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39 31 32 37 22 09 22 30 2e
[0]  [1681] 30 38 37 34 33 39 35 36 34 36 30 36 39 31 36 34 22 09 22 30 2e 30 37 37
[0]  [1705] 31 30 36 34 36 39 34 34 33 39 30 33 32 22 09 22 30 2e 30 38 34 33 32 32
[0]  [1729] 37 34 35 35 34 32 33 31 38 37 22 09 22 30 2e 30 37 33 39 37 31 34 35 34
[0]  [1753] 30 37 31 32 36 31 31 22 09 22 30 2e 30 37 31 37 36 33 38 33 32 38 38 32
[0]  [1777] 36 37 34 36 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39 31 36 37 22 09 22 30 2e 30 35
[0]  [1801] 30 37 35 37 39 37 33 30 35 34 32 33 32 38 22 09 22 30 2e 30 33 39 36 35
[0]  [1825] 38 32 30 36 37 36 36 35 37 39 36 22 09 22 30 2e 30 34 31 33 35 32 36 34
[0]  [1849] 39 38 37 39 35 33 37 38 22 09 22 30 2e 30 34 37 39 36 36 39 35 30 37 33
[0]  [1873] 37 39 30 32 31 22 09 22 30 2e 30 33 36 31 38 39 37 39 38 33 32 33 32 32
[0]  [1897] 38 33 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39 31 32 36 22 09 22 30 2e 30 37 35 38
[0]  [1921] 34 30 33 38 31 34 34 31 35 32 34 33 22 09 22 30 2e 30 37 36 32 38 36 36
[0]  [1945] 34 34 35 39 32 36 39 39 34 22 09 22 30 2e 30 35 37 35 32 33 36 30 30 31
[0]  [1969] 36 38 39 37 37 38 22 09 22 30 2e 30 36 35 39 36 32 35 31 33 34 33 32 33
[0]  [1993] 35 31 32 22 09 22 30 2e 30 36 32 33 32 30 32 38 34 34 36 34 36 22 0a 22
[0]  [2017] 47 4f 3a 30 30 34 35 33 33 33 22 09 22 30 2e 30 33 36 35 36 34 38 31 38
[0]  [2041] 31 39 32 37 22 09 22 30 2e 30 32 38 32 37 35 39 36 39 32 38 32 38 34 33
[0]  [2065] 32 22 09 22 30 2e 30 33 33 37 37 36 34 37 36 39 38 39 31 36 35 22 09 22
[0]  [2089] 30 2e 30 34 33 37 30 32 38 38 36 34 34 35 34 39 34 39 22 09 22 30 2e 30
[0]  [2113] 33 37 30 33 35 37 30 37 31 30 33 31 30 31 35 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 31
[0]  [2137] 35 39 38 30 22 09 22 30 2e 30 38 30 36 34 31 34 35 30 35 37 37 39 31 34
[0]  [2161] 31 22 09 22 30 2e 31 33 38 30 38 31 30 37 34 35 34 31 36 39 33 22 09 22
[0]  [2185] 30 2e 30 36 36 38 31 36 30 37 35 35 39 39 33 34 37 36 22 09 22 30 2e 31
[0]  [2209] 32 34 34 39 30 36 35 39 39 30 30 30 30 37 22 09 22 30 2e 30 34 36 33 33
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[0]  [6913] 33 37 31 32 31 32 34 35 30 34 35 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 36 37 39 36
[0]  [6937] 22 09 22 30 2e 30 32 35 36 36 31 36 37 36 36 35 30 32 34 35 31 22 09 22
 [6961] 30 2e 30 32 39 36 35 38 32 38 33 31 39 32 37 38 38 22 09 22 30 2e 30 33
[0]  [6985] 36 34 35 33 30 33 38 37 35 36 37 33 32 38 22 09 22 30 2e 30 31 38 30 37
[0]  [7009] 38 37 35 36 30 37 31 39 39 32 31 22 09 22 30 2e 30 34 31 38 31 35 38 30
 [7033] 31 38 36 34 36 31 33 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 31 30 34 36 37 22 09 22 30
[0]  [7057] 2e 30 37 30 32 35 30 32 37 30 30 31 37 39 35 31 33 22 09 22 30 2e 30 36
[0]  [7081] 38 36 39 37 31 31 34 37 33 34 34 34 30 34 22 09 22 30 2e 30 33 37 34 33
 [7105] 34 39 33 35 33 31 37 38 34 30 36 22 09 22 30 2e 30 35 36 34 38 38 37 36
[0]  [7129] 31 35 38 38 38 38 39 35 22 09 22 30 2e 30 36 32 33 32 33 30 37 33 30 38
 [7153] 33 37 32 38 39 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 39 30 34 30 37 22 09 22 30 2e 30
[0]  [7177] 34 31 31 37 33 37 37 36 39 35 39 37 37 33 36 22 09 22 30 2e 30 34 31 30
 [7201] 34 37 34 31 33 32 33 30 30 37 31 34 22 09 22 30 2e 30 33 33 34 33 30 32
[0]  [7225] 37 30 34 33 33 36 32 37 22 09 22 30 2e 30 33 35 36 37 35 33 37 32 36 31
[0]  [7249] 38 35 37 34 22 09 22 30 2e 30 34 30 38 38 30 33 33 31 31 38 35 39 37 32
 [7273] 32 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 34 34 32 37 31 22 09 22 30 2e 32 31 38 32 32
[0]  [7297] 34 37 33 35 35 31 36 38 33 31 22 09 22 30 2e 33 30 39 35 38 33 35 34 30
[0]  [7321] 33 32 34 39 36 33 22 09 22 30 2e 32 34 39 34 30 35 33 35 33 36 38 37 33
 [7345] 37 36 22 09 22 30 2e 31 31 35 30 34 33 39 33 35 35 32 36 39 37 38 22 09
[0]  [7369] 22 30 2e 32 39 33 30 39 35 32 38 32 34 38 35 32 34 39 22 0a 22 47 4f 3a
[0]  [7393] 30 30 30 36 37 39 33 22 09 22 30 2e 30 33 35 35 36 37 36 31 35 37 39 39
 [7417] 37 32 38 35 22 09 22 30 2e 30 31 33 34 33 33 38 37 33 31 39 33 33 34 38
[0]  [7441] 22 09 22 30 2e 30 35 32 38 31 35 31 38 30 39 32 37 39 38 36 35 22 09 22
[0]  [7465] 30 2e 30 34 32 32 36 38 33 35 36 38 35 35 34 36 39 35 22 09 22 30 2e 30
 [7489] 35 34 30 35 38 38 39 34 33 31 33 35 30 37 34 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 31
[0]  [7513] 39 36 33 37 22 09 22 30 2e 30 38 37 35 35 32 37 34 35 32 39 32 35 33 37
[0]  [7537] 33 22 09 22 30 2e 30 38 34 37 34 30 32 35 37 36 37 30 31 39 32 33 22 09
 [7561] 22 30 2e 31 39 32 38 33 30 33 31 32 31 36 30 34 32 33 22 09 22 30 2e 30
[0]  [7585] 34 35 37 35 33 30 38 38 31 31 36 37 32 30 35 22 09 22 30 2e 30 33 37 31
[0]  [7609] 30 30 36 38 38 33 39 32 38 38 31 35 22 0a 22 47 4f 3a 31 39 30 31 31 33
[0]  [7633] 37 22 09 22 30 2e 30 34 36 34 31 35 32 33 30 31 30 31 31 35 30 39 22 09
[0]  [7657] 22 30 2e 30 32 33 37 39 38 34 38 30 32 33 30 37 35 38 36 22 09 22 30 2e
[0]  [7681] 30 31 39 33 37 33 39 30 37 38 33 30 34 30 38 39 22 09 22 30 2e 30 33 31
[0]  [7705] 31 37 34 34 32 34 37 33 31 35 39 37 34 22 09 22 30 2e 30 33 37 32 35 36
[0]  [7729] 39 39 38 35 30 32 31 31 39 36 22 0a 22 47 4f 3a 31 39 30 31 35 36 34 22
[0]  [7753] 09 22 30 2e 31 30 39 31 34 38 34 30 37 34 37 35 36 35 22 09 22 30 2e 30
[0]  [7777] 35 39 37 35 37 39 32 32 38 36 31 31 39 32 39 22 09 22 30 2e 30 39 36 33
[0]  [7801] 38 32 35 35 34 35 39 34 35 36 34 22 09 22 30 2e 30 36 37 32 30 34 38 33
[0]  [7825] 35 36 31 37 32 37 31 37 22 09 22 30 2e 30 39 35 35 35 31 38 38 31 32 34
[0]  [7849] 39 33 33 34 39 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 35 35 30 38 36 22 09 22 30 2e 30
[0]  [7873] 34 39 30 30 37 32 32 34 39 33 39 38 36 32 31 22 09 22 30 2e 31 30 32 39
[0]  [7897] 39 33 36 39 30 39 30 33 31 33 31 22 09 22 30 2e 30 35 32 36 35 38 36 33
[0]  [7921] 32 31 31 36 39 32 32 37 22 09 22 30 2e 30 35 30 35 31 30 34 32 31 31 38
[0]  [7945] 36 34 39 30 32 22 09 22 30 2e 30 34 39 35 31 35 35 30 38 31 34 34 38 33
[0]  [7969] 31 22 0a 22 47 4f 3a 31 39 30 31 35 37 35 22 09 22 30 2e 30 32 37 36 31
[0]  [7993] 32 31 30 38 31 33 39 34 39 30 38 22 09 22 30 2e 30 32 33 39 39 36 31 38
[0]  [8017] 38 39 35 36 37 31 35 35 22 09 22 30 2e 30 31 39 30 31 30 31 33 36 32 31
[0]  [8041] 38 35 39 32 31 22 09 22 30 2e 30 32 36 34 31 30 39 35 38 33 34 32 38 32
[0]  [8065] 37 38 22 09 22 30 2e 30 30 39 30 36 31 31 35 39 32 34 31 35 32 36 38 34
[0]  [8089] 22 0a 22 47 4f 3a 30 30 30 39 30 35 36 22 09 22 30 2e 31 33 36 39 35 30
[0]  [8113] 35 30 32 36 37 32 32 34 35 22 09 22 30 2e 31 32 34 34 33 36 39 37 38 32
[0]  [8137] 39 38 35 33 33 22 09 22 30 2e 30 39 38 30 30 32 33 35 36 33 39 33 37 39
[0]  [8161] 31 35 22 09 22 30 2e 31 30 30 35 30 38 36 37 32 35 34 30 38 31 37 22 09
[0]  [8185] 22 30 2e 30 36 35 34 33 34 34 39 31 38 34 30 36 33 30 39 22 0a 22 47 4f
[0]  [8209] 3a 30 30 34 34 32 33 38 22 09 22 30 2e 30 33 30 33 38 34 34 36 36 31 30
[0]  [8233] 31 32 37 36 37 22 09 22 30 2e 30 30 39 39 31 39 31 31 36 32 38 37 37 38
 [8257] 31 31 36 22 09 22 30 2e 30 31 36 35 30 31 30 31 38 36 32 36 33 32 38 38
[0] attr(,"filename")
[0] [1] "AureoTestdata.tsv"
[0] <simpleError in textConnection(data): ungültiges 'text' Argument>

Do I need to set a different content-type or are .tsv files simply not supported (yet)?

[barret]

Are you able to set a content type for the tsv part? If no content type is provided, then the raw values are returned as there is no valid way to unserialize the data.

If you'd like to have a data.frame returned, would you mind adding a new post body parser as a PR?

https://en.wikipedia.org/wiki/Tab-separated_values states that the mime type is text/tab-separated-values

I am guessing the body of the parser will be very similar to parser_rds, but using read.delim instead of readRDS.

This can then be registered before parser_text with something like addParser("tsv", parser_tsv, "text/tab-separated-values")

(The same behavior could be repeated for csv.)

[Theanjha]

I'm sending the file via a html form, the mime type is set to text/tab-separated-values automatically (or text/plain respectively).

I would have expected that the parser would just parse .tsv as plain text if there is no parser implemented for .tsv. I just saw that text/tab-seperated-values is not a supportet content-type content-types.R and therefore it falls back to 'application/octet-stream'.

Of course, getting a data.frame directly would be great! I'll try to have a look at the code and see if I can make a PR.

Thanks for your help!

[meztez]

I also thought it would use the text parser as the regex on content_type is "text/". I believe we should respect content-type when it is provided by modifying https://github.com/rstudio/plumber/blob/641b57337c930a9fd318bc84adcae7e2a53b2228/R/parse-body.R#L195 to also check for an existing content_type header.

[barret]

@Theanjha PR adding the tsv and csv parsers: https://github.com/rstudio/plumber/pull/584

Thank you @meztez for the logic fix in https://github.com/rstudio/plumber/pull/583 !